L’ADN ancien suggère que les mammouths laineux ont parcouru la Terre plus récemment que prévu

En 2010, de petites carottes de sédiments de pergélisol ont été prélevées par une équipe de l’Université de l’Alberta à mines d’or dans la région du Klondike au centre du Yukon. Ils étaient restés en chambre froide jusqu’à ce que les paléogénéticiens du Centre d’ADN ancien McMaster appliqué de nouvelles techniques de génomique pour mieux comprendre extinction mondiale de la mégafaune qui avait culminé en Amérique du Nord il y a environ 12 700 ans.

Ces minuscules échantillons de sédiments contiennent une immense richesse d’anciennes ADN d’innombrables plantes et animaux qui ont vécu dans ces environnements pendant des millénaires. Ces microfossiles génétiques proviennent de tous les composants d’un écosystème – y compris les bactéries, les champignons, les plantes et les animaux – et servent de capsule temporelle d’écosystèmes perdus depuis longtemps, tels que le mammouth-steppe, qui a disparu il y a environ 13 000 ans.

Comment exactement ces écosystèmes se sont-ils restructurés de manière si significative et pourquoi les grands animaux semblent-ils avoir été les plus touchés par ce changement ? domaine actif du débat scientifique depuis le 18ème siècle.

Nous pouvons maintenant utiliser l’ADN environnemental pour aider à combler les lacunes qui ont alimenté ce débat.

ADN ancien, technologies de pointe

L’ADN bactérien, fongique et non identifiable représente plus de 99,99 % d’un échantillon environnemental. Dans notre cas, nous voulions un moyen de récupérer de manière sélective la fraction beaucoup plus petite de l’ADN végétal et animal ancien qui nous aiderait à mieux comprendre l’effondrement de l’écosystème de la steppe mammouth.

Pour mon recherche doctorale, j’ai fait partie d’une équipe qui a développé un une nouvelle technique pour extraire, isoler, séquencer et identifier de minuscules fragments d’ADN ancien à partir de sédiments.

Nous avons analysé ces fragments d’ADN pour suivre la distribution changeante des plantes et des animaux qui ont vécu dans le centre du Yukon au cours des 30 000 dernières années. Nous avons trouvé des preuves pour la survie tardive des mammouths laineux et des chevaux dans la région du Klondike, quelque 3 000 ans plus tard que prévu.

Nous avons ensuite élargi notre analyse pour inclure 21 carottes de pergélisol précédemment prélevées sur quatre sites de la région du Klondike datant d’il y a entre 4 000 et 30 000 ans.

Avec les technologies actuelles, nous ne pouvions pas seulement identifier de quels organismes provenait un ensemble de microfossiles génétiques. Mais nous ont également pu remonter ces fragments dans des génomes pour étudier leurs histoires évolutives – uniquement à partir de sédiments.

Des changements environnementaux considérables

le La transition Pléistocène-Holocène, qui s’est produite il y a environ 11 700 ans, a été une période de changements énormes à travers le monde. Dans l’est de la Béringie (l’ancien pont terrestre eurasien et les régions non glaciaires du Yukon et de l’Alaska), cette période a vu l’effondrement de la biome mammouth-steppe et son remplacement progressif par le forêt boréale telle que nous la connaissons aujourd’hui.

Cela a entraîné la perte de mégaherbivores emblématiques de la période glaciaire comme le mammouth laineux, cheval yukonnais, et bison des steppes, ainsi que des prédateurs tels que le Chat cimeterre américain et Lion de Béringie, parmi beaucoup d’autres.

Nous avons trouvé de l’ADN environnemental ancien provenant d’un large éventail de faunes anciennes, y compris les mammouths laineux, les chevaux, les bisons des steppes, les caribous, les rongeurs, les oiseaux et de nombreux autres animaux.

Nous avons également pu observer comment les écosystèmes se sont déplacés avec la montée des arbustes ligneux il y a environ 13 500 ans, et comment cela était corrélé avec un déclin de l’ADN des mammouths laineux, des chevaux et des bisons des steppes. Avec cet ensemble de données remarquablement riche, nous avons observé quatre principaux résultats.

1. Il y avait une cohérence surprenante dans le signal entre les sites, suggérant que nos données étaient représentatives des tendances écologiques dans la région.
2. L’ADN du mammouth laineux décline avant la Réchauffement de Bølling-Allerød, une période chaude à la fin de la dernière période glaciaire, suggérant que les pertes de mégafaune pourraient avoir été échelonnées.
3. Forbs (plantes herbacées à fleurs) constituent une composante substantielle de l’écosystème mammouth-steppe aux côtés des graminées.
4. Il existe un signal constant de persistance du mammouth laineux et du cheval du Yukon dans l’Holocène, jusqu’à 7 000 ans après leur disparition des archives fossiles.

Lorsqu’elles sont associées à d’autres enregistrements, nos reconstructions génétiques suggèrent que la transition hors de la dernière période glaciaire a peut-être été plus longue que ne le suggèrent les os datés seuls.

Les mammouths, par exemple, peuvent avoir diminué l’abondance de la population locale des milliers d’années plus tôt que les autres mégafaunes, ce qui est potentiellement corrélé avec le premier preuve controversée des humains dans la région. Davantage, les animaux de pâturage des prairies peuvent avoir persisté pendant des milliers d’années dans des refuges (habitats qui soutiennent l’existence d’une population isolée), malgré le changement environnemental.

Mammouths laineux aux côtés des humains

Nos données suggèrent que les chevaux et les mammouths laineux peuvent avoir persisté dans le Klondike jusqu’à il y a environ 9 000 ans et peut-être aussi récemment qu’il y a 5 700 ans, survivant à leur disparition supposée de registres fossiles locaux de 7 000 ans. Cependant, il est possible pour ancien ADN environnemental pour survivre à l’érosion et à la redéposition, qui pourraient mélanger les signaux génétiques de différentes périodes de temps, nécessitant une certaine prudence dans nos interprétations.

Jusqu’à récemment, il n’y avait aucune preuve de la survie des mammouths au milieu de l’Holocène. Mais des études ont montré que les mammouths ont survécu jusqu’à 5 500 et 4 000 il y a des années sur les îles de l’Arctique.

Des chercheurs au Centre de géogénétique à Copenhague trouvé des preuves de la survie tardive des chevaux et des mammouths en Alaska jusqu’à aussi récemment que il y a 7 900 ans. Ils ont également trouvé des preuves de mammouths ayant survécu il y a à peine 3 900 ans en Sibérie, aux côtés de rhinocéros laineux il y a au moins 9 800 ans.

Le bison des steppes, que l’on croyait disparu et remplacé par le bison américain pendant le Pléistocène, ont également survécu même aussi récemment que peut-être juste il y a 400 ans. Nous avons pu observer la présence de lignées génétiques distinctes de mammouths laineux et de bisons des steppes dans les mêmes échantillons de sédiments, ce qui suggère qu’il y avait probablement des populations distinctes de ces animaux vivant dans la même zone.

Il y a de plus en plus de preuves que de nombreuses mégafaunes de la période glaciaire ont probablement survécu bien dans l’histoire humaine enregistrée, parcourant le nord au cours de la période glaciaire. L’Âge de bronze et tandis que les constructeurs travaillaient sur le pyramides d’Egypte.

Archives génétiques de notre passé écologique

La sophistication croissante des méthodes d’ADN environnemental pour étudier les microfossiles génétiques anciens met en évidence la quantité d’informations enfouies dans les sédiments.

Le pergélisol est idéal pour préserver l’ADN ancien, mais comme cela le sol gelé en permanence dégèle et se dégrade avec le réchauffement de l’Arctique, il en sera de même pour le matériel génétique préservé à l’intérieur et les mystères de l’évolution qu’ils détenaient autrefois.

Les progrès de la paléogénétique continuent de repousser les limites de ce qui était autrefois relégué à la science-fiction. Qui sait quelles informations évolutives non découvertes restent figées dans les sédiments ordinaires, cachées dans des microfossiles d’ADN ancien ?

Écrit par Tyler J. Murchie, boursier postdoctoral, anthropologie, Université McMaster.

Cet article a été publié pour la première fois dans La conversation.