therneau / survie: paquet de survie pour R

Ceci est le code source du package « survival » dans R. Il est publié sur le
archives R complètes (CRAN) à intervalles, chaque publication précédant
test à travers. (J’exécute la suite de tests pour tous les 800+ packages qui dépendent de
survie.) En général, chaque nouvelle poussée vers CRAN mettra à jour le deuxième terme de
le numéro de version, par ex. 2.40-5 à 2.41-0. Mises à jour uniquement vers la source github
incrément après le tiret. (Si une erreur est trouvée dans le processus de CRAN
soumission, la version CRAN publiée peut être x.yy-1 ou même x.yy-2 ou 3.)
Ce répertoire est une ombre du «  vrai  » référentiel, qui est dans mercurial sur
ma propre machine. En tant que tel, je n’utilise pas git pour les pull requests. Je vais souvent
copier le code d’une suggestion, cependant; ils ne sont pas ignorés!

Le répertoire vignette2 contient du matériel qui n’est pas publié sur CRAN.
Le fichier « tutorial.Rnw », par exemple, nécessite des données de
le package mstate. Survival est un package recommandé, et de tels packages peuvent
dépendent uniquement des autres packages recommandés. (Cela permet une
distribution groupée.) La vignette sas.Rnw présente une discussion sur le temps de calcul et
prend trop de temps à courir, etc.

Une grande partie de la source se trouve dans le répertoire noweb et est basée sur
les idées de programmation alphabétisées de Knuth. La raison en est que cela permet plus
documentation complète des méthodes. Je peux avoir des choses comme des blocs de
équations, et trouver les équations « réelles » côte à côte avec le code fait
il est beaucoup plus facile de bien faire les choses. Quiconque souhaite étudier les méthodes est
conseillé d’effectuer « make code.pdf » dans le répertoire noweb, puis de regarder le
partie pertinente de ce fichier pdf. Tout fichier dans les répertoires R ou src qui
commence par un commentaire « généré automatiquement … » ne doit PAS être modifié
directement, travaillez plutôt avec la source noweb. (Vous aurez besoin d’avoir le noweb
package chargé afin d’exécuter le Makefile.)

Vous devriez pouvoir l’installer en utilisant le code R suivant:
bibliothèque (devtools); install_github (« therneau / survie »)

Notez qu’une bonne pratique serait de créer des fichiers dérivés tels que R / tmerge.R
« à la volée » en utilisant un script de configuration; comme ça il n’y aurait pas de
danger que quelqu’un essaie de modifier le fichier dérivé plutôt que le fichier réel
source (noweb / tmerge.Rnw). Cependant, je n’ai pas pu créer de configuration
fichier qui a fonctionné de manière fiable sur toutes les plates-formes, et a voté pour la convivialité plutôt que pour
pureté.